يتساءل طه حسين في هذه المقولة بسخرية مريرة واستفهام بلاغي عن قدرة العلم على فهم ومعالجة الجوانب غير المادية التي تؤثر سلبًا في العلاقات الإنسانية. يستخدم تعبير "الجراثيم المعنوية" كاستعارة قوية وذكية للإشارة إلى تلك العوامل الخفية، السلبية، التي تتسلل إلى النفوس وتُفسد أسمى المشاعر والروابط.
هذه "الجراثيم" ليست مادية يمكن رؤيتها بالمجهر أو تحليلها في المختبر، بل هي أمراض نفسية واجتماعية وأخلاقية، مثل الشك، الحسد، الغيرة، الأنانية، الخيانة، سوء الظن، أو حتى مجرد سوء الفهم المتراكم. هذه العوامل، وإن كانت غير مرئية، إلا أنها تمتلك قوة تدميرية هائلة، فهي "تفسد الود"، أي تُلحق الضرر بالصداقات والمحبة، و"تفتك بالحب"، أي تقضي على أعمق أشكال الارتباط العاطفي، و"تقطع أمتن ما يكون بين الناس من صلات"، مما يعني أنها قادرة على تفكيك أقوى الروابط الاجتماعية والإنسانية.
السؤال هنا ليس دعوة للعلم لاكتشاف ميكروبات جديدة، بل هو تساؤل فلسفي عن حدود العلم المادي في فهم وتعزيز القيم الإنسانية. إنه يعكس إحساسًا بالعجز أمام تعقيد النفس البشرية وتأثير السلبيات المعنوية التي لا يمكن للعلم التجريبي وحده أن يفك شفرتها أو يقدم لها علاجًا قاطعًا، مما يفتح الباب للتفكير في دور الفلسفة، الأخلاق، والتربية في معالجة هذه "الأمراض الروحية" التي تهدد نسيج المجتمع.